Comme tout équipement électronique un tant soit peu évolué, la Freebox embarque un certain nombre de programmes, dont un noyau Linux modifié qui sert de base à son micrologiciel (firmware). Les conditions d'utilisation de ce noyau sont régies par la Licence publique générale GNU (GPL), qui stipule, entre autres choses, que la modification et la redistribution d'une application sont autorisées tant que l'utilisateur s'engage à fournir le code source de la version modifiée, cette dernière étant automatiquement placée elle aussi sous licence GPL.
Free utilise et distribue un noyau Linux modifié par ses soins, mais ne fournit pas le code source de ce dernier. Selon la FSF, l'opérateur viole donc de façon manifeste la licence GPL et pourrait se voir exposé à un procès pour contrefaçon. De son côté, Free affirme être dans son bon droit, dans la mesure où les Freebox fournies aux abonnés restent sa propriété. Ainsi, il n'y aurait pas redistribution du logiciel mais simple déploiement au sein d'un réseau interne de Freebox, ce qui ne constituerait en rien une violation de la licence GPL.
« Pourquoi prêter le flanc à une action qui pourrait entraîner le retrait du marché de toutes les Freebox ? », s'interroge Frédéric Couchet, délégué général de l'Association pour la promotion et la recherche en informatique libre (April), dans les colonnes des Echos. Free ne souhaite vraisemblablement pas voir le code source du noyau de sa Freebox rendu public pour d'évidentes raisons de sécurité. L'opérateur rappelle d'ailleurs qu'il assure la promotion des logiciels libres au travers de sa Freebox. Pour certains, les codes sources sont effectivement redistribués, mais le problème du firmware reste entier. La version 3 de la licence GPL permettra peut-être de résoudre certains des dilemmes liés à son utilisation industrielle.