Le projet attire cependant de nombreux opposants. Une partie de la communauté scientifique estime que les compétences actuelles sont encore insuffisantes au regard de l'objectif à atteindre. Ces chercheurs sont également inquiets quant à la gestion des fonds opérée au sein du HBP.
Jusqu'à présent, l'Europe a doté le projet de 500 millions d'euros de fonds sur une période de dix ans. La condition demeure que les États ou l'industrie apportent leur propre soutien via un financement identique. Toutefois, plusieurs chercheurs estiment que le projet souffre d'une mauvaise gouvernance et craignent que ce dernier n'accapare tout l'argent dédié aux neurosciences en Europe.
Pas moins de 300 chercheurs ont ainsi signé une pétition demandant à ce que certains objectifs soient revus. Inquiets du fait que de nombreux laboratoires ne se sont pas joints à l'opération, ils reprochent la vision trop étroite du projet initial et demandent à ce que les fonds soient réalloués, si leur propositions ne sont pas écoutées.
