Au niveau des fonctionnalités, Safari 3.1 propose notamment des signets créés par glisser-déposer, des onglets plus faciles à agencer, un outil de recherche intégré qui affiche dans une page le nombre de correspondances trouvées et un lecteur RSS. Safari 3.1 est l'un des premiers navigateurs à prendre en charge à la fois les nouvelles balises vidéo et audio de HTML 5 et les animations CSS. Il gère également les polices web CSS.
Safari 3.1 pour Mac OS X peut être obtenu directement via le module de mise à jour du système d'Apple. La version Windows est aussi disponible gratuitement sur cette fiche.