Plusieurs versions du jeu seront disponibles. La première, Football Manager 2016, débarquera sur PC et Mac. La deuxième, Football Manager Touch 2016, sera destinée aux appareils équipés d'un écran tactile. Enfin, la troisième, Football Manager Mobile 2016 (anciennement appelé Football Manager Handheld), sera téléchargeable sur les terminaux tournant sous iOS ou Android.
Comme chaque année, ces nouvelles versions arriveront avec, dans leurs bagages, un certain nombre de nouveautés. Football Manager Touch 2016 proposera un système de sauvegardes enregistrées sur le Cloud (accessibles depuis différentes plateformes), un mode création de club, tandis que Football Manager Mobile 2016 intégrera une équipe d'entraîneurs ou encore, un système de tactiques améliorées.
De son côté, Football Manager 2016 inclura deux nouveaux modes de jeux (Fantasy Draft, Create-A-Club), un entraîneur présent « physiquement » sur la ligne de touche ou encore une expérience de match améliorée (2000 nouvelles animations, plus de contrôle sur les coups de pied arrêtés, nouveau résumé de matchs, etc.).
