Cet iTunes 10.6.3 est également l'occasion pour Apple de corriger quelques bugs, dont voici la liste, telle que formulée dans le processus de mise à jour. Ces résolutions sont valables aussi bien sur Mac que sur PC, avec des téléchargements estimés à respectivement 176,9 et 77,76 Mo.
- résolution de l'absence de réponse d'iTunes lors de la synchronisation d'un iPad (1re génération) contenant un manuel iBooks ;
- résolution de l'apparition dans un ordre inattendu de photos synchronisées sur un appareil ;
- résolution de la suppression inattendue par iTunes de listes de lecture créées sur un appareil ;
- résolution de la suppression inattendue par iTunes d'apps sur un appareil ;
- amélioration générale des performances et de la fiabilité.