Sur la liste de diffusion officielle de VLC, Rémi Denis-Courmont, ingénieur sur Meego chez Nokia mais aussi responsable du développement de VideoLAN, explique avoir déposé une requête à Apple en soulignant que les politiques de licence de VideoLAN et de l'App Store n'étaient pas compatibles. « Le lecteur vidéo VLC est un logiciel libre distribué selon les termes de la licence open source GNU General Public License (également connue sous le nom de GPL). Ces termes contredisent les règles d'usage des produits de l'AppStore au travers duquel Apple déploie les applications aux utilisateurs sur leurs terminaux mobiles ».
Plus précisément selon les conditions d'utilisation de l'iTunes Store, les applications gratuites et payantes ne peuvent être installées sur plus de cinq terminaux iOS. Pour ce faire Apple place un verrou numérique sur chaque titre soumis et accepté. De leurs côtés, les logiciels publiés sous la licence GPL ne doivent pas être assujettis à ce type de restriction. Par ailleurs, toute modification du code source doit obligatoirement être redistribuée. Si Applidium a bien publié le code de son application, cette dernière embarque cependant les DRM d'Apple.
Apple devait donc retirer l'application VLC de son l'App Store. La communauté des utilisateurs reste largement divisée sur le sujet. Certains estiment que les actions de M. Denis-Courmont n'étaient pas justifiées et porteront préjudice à l'image du projet open source. De son coté ce dernier estime que la faute revient à l'éditeur Applidium : « Ils ont décidé de prendre le risque et maintenant ils en assument les conséquences »