En 2004, alors que McKinnon est détenu par la justice britannique, les autorités américaines réclament son extradition pour des chefs d'inculpation qui vont du piratage informatique au détournement de trafic en passant par le vol d'identifiants ou la suppression de fichiers critiques. La Grande Bretagne bloque la procédure pendant deux ans, le temps de mener sa propre enquête, bien qu'elle n'ait jamais officiellement inculpé le prévenu. Courant 2006, les Etats-Unis reviennent à la charge, et réclament une nouvelle fois l'extradition, ce que finissent par accepter les autorités britanniques, après avoir obtenu l'assurance que McKinnon ferait l'objet d'un juste procès.
L'intéressé, qui refuse d'être jugé outre Atlantique, fait alors appel de cette décision. Rapidement rejeté, son premier recours est suivi d'un second, devant la plus haute instance de justice du Royaume-Uni. Les cinq juges en charge du dossier ont une nouvelle fois rejeté sa demande, et McKinnon court donc maintenant le risque de se voir extradé. Celui qui refuse qu'on l'assimile à un terroriste, craint que les Etats-Unis ne fassent de lui un exemple, voire un bouc émissaire, pour dissuader tous ceux qui caresseraient l'espoir de s'introduire dans les systèmes informatiques gouvernementaux, et entend maintenant porter l'affaire devant la Cour européenne des droits de l'Homme.
McKinnon est accusé d'avoir dérobé plus de 950 mots de passe, supprimé des fichiers au sein des machines d'une base de la Navale américaine. Il se serait également introduit dans 53 machines de l'armée américaine, dont certaines en charge de la défense et de la sécurité du territoire, dans 26 ordinateurs de la Marine, 16 systèmes appartenant à la NASA, ainsi que dans une machine du département de la Défense. Ses actes auraient conduit à l'arrêt de plus de 2.000 ordinateurs pendant 24 heures, une interruption de service estimée à environ 900.000 dollars.
