La mission de la Cnil consiste à informer les individus de leurs droits relatifs au traitement des informations personnelles dans les systèmes informatiques, garantir l'accès à ces informations, recenser les fichiers qui listent ces dernières, vérifier que la loi est bien appliquée et établir des normes qui régiront le traitement des données confidentielles. Par exemple, la plupart des gérants de sites Internet sont obligés de remplir une déclaration auprès de la Cnil et de respecter un certain nombre de règles relatives au traitement des informations personnelles qu'ils recueillent.
L'avènement du Web et de nouvelles technologies sujettes à question (vidéosurveillance, biométrie, traçabilité, etc.) provoque une recrudescence des activités de la Cnil, qui peine à faire face avec les moyens dont elle dispose aujourd'hui. « La charge de travail a augmenté de 370 % en trois ans », explique le président de la Cnil à l'AFP.
Avec 9 millions d'euros de budget en 2006, la Cnil aurait le « le plus faible budget de toutes les autorités indépendantes similaires en Europe ». Bien qu'indépendante sur les plans exécutifs et administratifs, la Cnil est subventionnée par l'Etat, qui assure également le traitement de ses quelque 90 employés actuels. Selon Alex Türk, qui compte bien se faire entendre pendant la campagne électorale, 200 agents et un budget doublé seraient le minimum requis pour faire face aux nouvelles tâches qui incombent à la Cnil.
