Dans un premier temps, une quinzaine de critiques de livres sera proposée chaque semaine, en plus de l'actualité des idées. A partir de janvier 2008, le rythme de publication deviendra quotidien. Si la communication de Nonfiction.fr parle de web 2.0 (technologies collaboratives centrées sur l'expérience utilisateur), elle évite les termes de « journalisme citoyen ». Frédéric Martel, 40 ans, rédacteur en chef de Nonfiction.fr, a déclaré sur France.3.fr : « il ne s'agit pas d'un site où tout le monde peut faire son blog, mais d'une toile construite par une équipe structurée (et bénévole) de 250 à 300 personnes, connaisseurs de leur domaine : des spécialistes, des chercheurs, des étudiants en thèse...». Ecrivain et journaliste, Martel ne fait pas mystère de sa sensibilité de gauche mais affirme « l'indépendance » de Nonfiction.fr.
Par ailleurs, une charte rédactionnelle et déontologique stricte précise : « La rédaction est indépendante des liens commerciaux et publicitaires négociés par l'équipe publicitaire du site. Les critiques et collaborateurs rédigent leurs articles à titre bénévole ; toutefois, dès que le site aura atteint l'équilibre financier, l'essentiel de ses bénéfices sera reversé à son développement technique et rédactionnel futur ». Le projet compte à ce jour 4 salariés et dispose d'un budget de départ de 150.000 euros sur l'année. Le site a été conçu par Abricoo, société détenue à 51% par AlloCiné, partenaire de Nonfiction.fr au côté de la Fnac, , Vodeo et du Nouvel Observateur.