Mais un bonheur n'arrivant jamais seul, les développeurs du jeu ont annoncé que cette version iPad sera l'occasion de sortir une nouvelle édition du jeu sur PC. Baptisée FTL : Advanced Edition, cette refonte sera gratuite pour les possesseurs du jeu et fera office d'extension en apportant de nombreuses petites nouveautés. L'introduction du mind control sera par exemple l'occasion de retourner certains ennemis pour en faire des alliés et ainsi - par exemple - pousser des envahisseurs à réparer les dégâts qu'ils viennent de causer au vaisseau.
Sur leur site officiel, les développeurs évoquent également le cas du hacking system qui permettra de cracker certaines fonctionnalités des adversaires. De manière plus classique, de nouveaux secteurs et de nouveaux événements seront de la partie grâce notamment au célèbre scénariste Chris Avellone. De plus, de nouvelles armes, de nouveaux effets et divers systèmes, drones, augmentations, ennemis ont été imaginés. Tout ceci devrait être détaillé dans le prochaines semaines, images à l'appui sans doute.