Fondé en 2004, l'éditeur Komoku a été financé à hauteur de 2,5 millions de dollars par le département de recherche de la Défense américaine. Le montant de l'offre formulée par Microsoft n'a pas été communiqué.
Komoku est la seconde acquisition de Microsoft relative à la lutte contre les rootkits. En 2006, l'éditeur avait en effet racheté la société éditrice du logiciel Rootkit Revealer, dont l'un des ingénieurs, Mark Russinovich, avait mis en lumière l'existence de rootkits sur certains des CD musicaux commercialisés par Sony BMG, en 2005.