L'intégration des empreintes digitales fut largement prisée par les autorités au lendemain des attaques du 11 septembre, et ce, malgré les critiques des défenseurs de la vie privée. En France, la CNIL par exemple, s'est exprimée à ce sujet en 2007. La commission nationale de l'informatique et des libertés explique qu'elle considère comme légitime le recours, pour s'assurer de l'identité d'une personne, à des dispositifs de reconnaissance biométrique dès lors que les données biométriques sont conservées sur un support dont la personne a l'usage exclusif. De leur côté, les autorités européennes affirme que la collecte des empreintes digitales au sein d'une base de données peut se révéler très efficace dans le cas d'un vol d'identité. Face à cet argument, la CNIL explique que si légitimes soient-elles, les finalités invoquées ne justifient pas la conservation, au plan national, de données biométriques telles que les empreintes digitales et que les traitements ainsi mis en œuvre seraient de nature à porter une atteinte excessive à la liberté individuelle.
En 2006, les associations européennes de défense de liberté individuelle se sont regroupées afin d'analyser les conséquences éventuelles de la mise en place des passeports biométriques au sein de l'Union. Baptisé le G29, ce groupe affirme que cette mesure pourrait avoir de « lourdes conséquences sur la vie privée pour les titulaires de ces documents, dans la mesure où ces données peuvent être stockées dans des bases de données et mises à disposition à des fins non prévisibles. »
Enfin, pour certains experts, la collecte des empreintes digitales ne permettra pas forcément d'obtenir de meilleurs résultats dans l'arrestation de crimininels. Ainsi, Richard Clayton, un chercheur au laboratoire de sécurité de l'université de Cambridge, explique qu'il y a un risque pour que les douaniers et la police finissent par n'utiliser que cette méthode au détriment des autres outils traditionnels d'identification.
« Avec les passeports actuels les douaniers regardent attentivement le visage des gens. S'ils venaient à n'utiliser que les empreintes digitales, ils pourraient ne plus utiliser des méthodes plus humaines comme mesurer la nervosité d'une personne lorsqu'elle tente de passer la frontière. », affirme-t-il au magazine PC World.
A titre d'exemple en 1997, Shirley McKie, un enquêteur de la police écossaise fut accusée d'avoir commis un meutre parce que ses empreintes digitales ont été faussement identifées sur la scène du crime. Pourtant, elle ne s'y était jamais rendue. Le fin mot de l'histoire : ses empreintes était quasiment identiques à celles du meutrier.
Ces nouveaux passeports devraient voir le jour à partir du 29 juin prochain.
