Il apparaît premièrement que comme pour les premières versions du système Windows Mobile 6, il y aura deux versions du système 6.1 avec d'un côté « Windows Mobile 6.1 Professionnel » pour les PDAPhones du marché et « Windows Mobile 6.1 Standard » pour les smartphones sans écran tactile. Et dans la catégorie des nouveautés logicielles qui seront implémentées dans la version du système pour PDAPhones, ce sont principalement six mises à jour qui seront proposées.
« SMS et page d'accueil »
Premièrement, les textos seront désormais classés via une interface proche de celle d'une messagerie instantanée, copiant le système similaire intégré dans l'iPhone d'Apple. Le système d'exploitation sera ensuite nettement plus réactif tandis qu'une nouvelle fonction permettra de le prendre en main plus facilement pour ses premiers utilisateurs.
« Prise en main du système / navigateur web avec zoom »
Testée sur un UMPC/PDAPhone HTC Advantage, la mise à jour 6.1 à permis de gagner 20 secondes de temps de démarrage pour atteindre 30 secondes contre 50 secondes auparavant. Le navigateur web Internet Explorer Mobile sera ensuite également légèrement mis à jour, permettant d'avoir un système de zoom plus efficace. C'est sans doute pour ce dernier point le navigateur DeepFish qui a été intégré dans Internet Explorer Mobile.
« Gestionnaire des tâches et de programmes »
Concernant les deux dernières nouveautés du système Windows Mobile 6.1, il est possible de noter le gestionnaire de programmes qui est désormais plus évolué. Il permet entre autre d'afficher la quantité de mémoire ou processeur utilisée pour chaque application. Un désinstallateur d'application est enfin présent et nettement plus fonctionnel.
Pour le reste, ce sont également d'autres changements mineurs qui ont été apportés, dont la suite Office Mobile qui passe en version 6.1 et qui prend désormais en compte par défaut les documents créés depuis la suite Office 2007 pour PC.