Pour Miguel de Icaza, la communauté Linux n'a pas pris le bon chemin et doit faire face à des problèmes majeurs. Ceux-ci remonteraient aux origines du kernel développé par Linus Torvalds n'intégrant aucune compatibilité binaire avec les pilotes des périphériques. M. de Icaza explique que les développeurs de différentes distributions GNU/Linux ne se sont jamais mis d'accord sur les fondamentaux de leur système d'exploitation respectif avec parfois des implémentations différentes pour une même fonctionnalité. Alors que la communauté Linux est censée se réunir pour la cause du logiciel libre, les développeurs entretiendraient encore aujourd'hui des incompatibilités afin de garder une longueur d'avance sur la concurrence des autres distributions.
Parallèlement, l'évolution du développement est jugée trop rapide et instable. « Nous avons remplacé les modules fondamentaux du système d'exploitation par des chemins d'accès inefficaces. Nous avons introduit des couches de compatibilité qui n'étaient pas vraiment fonctionnelles ni maintenues », explique-t-il ainsi. Il en résulterait ainsi plusieurs dysfonctionnements avec des logiciels devenant inopérants quelques mois seulement après avoir été portés sur une distribution GNU/Linux. « En attendant vous pouvez toujours exécuter la version 2001 de Photoshop sur Windows 8 et de vieilles applications pour Mac sur Mountain Lion », affirme M. de Icaza. Et d'ajouter : « la prise en charge de Linux est devenu un fardeau pour les développeurs indépendants », et finalement la mise en oeuvre d'un App Store similaire à celui d'OS X est tout simplement impossible à réaliser sur Linux aujourd'hui.
