Premiers êtres vivants à être apparus sur Terre, les bactéries sont des êtres unicellulaires présents dans notre organisme, principalement sur notre peau et dans notre système digestif. Elles sont dix fois plus nombreuses que nos cellules, il en existe bien 500 espèces, et elles peuvent être corrélées à plusieurs pathologies telles que l'obésité, les maladies cardiaques ou la dépression. Elles constituent, avec les levures, champignons et virus, le microbiote. Et tout ce petit monde vit dans une « aire de vie » : le microbiome. C'est le nom qu'a choisi d'adopter la start-up américaine µBiome, décidée à percer les mystères de ce microcosme peu connu.
A ce jour, la connaissance scientifique des microbiomes est réputée lacunaire. Selon plusieurs études, elles proviennent essentiellement de modèles très simplificateurs et basés sur des observations limitées de communautés réduites. En 2007, le Centre national de la Santé, aux Etats-Unis, a lancé un vaste projet dénommé Human Microbiome Project. Son objetif est de séquencer les gènes de ces micro-organismes.
Aller plus loin que la simple visualisation
Voyant que les résultats n'avançaient pas assez vite, Zachary Apte, docteur en biophysique et Jessica Richman, docteure en mathématiques, décidèrent d'accélérer les choses à partir de 2013. « Beaucoup d'études ont été menées à ce jour mais jamais avec vos données », affirment les cofondateurs sur leur page Indiegogo, où ils ont récolté plus de 350 000 dollars, alors qu'ils en demandaient 100 000 initialement. Durant le mois d'août, la société a levé 1,5 million auprès de business angels et 3 millions grâce au fonds Andreessen Horowitz.
Si chacun prélève des échantillons de son microbiome, il pourra contribuer à l'effort global de recherche sur ce sujet. Pour cela, trois formules sont proposées pour réaliser des prélèvements dans sa flore intestinale, peau ou bouche. Il suffit ensuite de renvoyer les échantillons à µBiome, qui se charge de les analyser. Six semaines plus tard, la personne peut accéder à son profil en ligne où elle visualisera l'état de son microbiome. De la même façon que la mesure des pas (mais en plus complexe), cet affichage n'a, en soi, que peu d'intérêt.
Le microbiome, aussi capital que le génome
Côté utilisateur, il permet de comparer son microbiome à celui de son voisin obèse, végétarien, fumeur, sportif, et autres. Mais la portée de ces expérimentations ne se mesure pas à l'échelle individuelle. « Nous voulons impliquer le public pas seulement en collectant des échantillons, mais en analysant les données, en émettant et testant des hypothèses, tout en restant le plus scientifique possible », assurent les fondateurs. Au sujet des données recueillies, elles restent la propriété des participants, et demeurent bien sûr anonymes.« Le microbiome pourrait s'avérer aussi important pour le bien-être humain que le génome, à la différence qu'on peut le modifier », expliquent Zachary Apte et Jessica Richman. « En raison de ce potentiel incroyable, sa compréhension est devenue l'une des plus grandes recherches scientifiques de notre temps. »
