Sur son site, le Conseil d'Etat suscite la polémique. Le fichier « base élèves » recensant tous les écoliers du premier degré (Ecole primaire) ne serait simplement pas conforme à la Loi Informatique et libertés. En tout cas, dans la période entre fin 2004 et début mars 2006, la mise en œuvre de la base était illégale.
La juridiction précise que « Le Conseil d'État relève tout d'abord que, s'il a bien fait l'objet d'une déclaration à la fin de l'année 2004 auprès de la Commission nationale de l'informatique et des libertés (CNIL), ce fichier a commencé à être utilisé sans attendre la délivrance du récépissé de la déclaration, intervenue seulement le 1er mars 2006 ». Pourtant, le fichier a bien été constitué, sans autorisation propre.
De même, une seconde irrégularité (toujours à l'œuvre) a été recensée. Les personnes fichées ne peuvent pas s'opposer à leur présence. Pourtant, chacun a droit à demander à ne pas figurer dans une liste lors de la constitution d'un système de renseignement incluant des informations personnelles. Le Conseil d'Etat n'a pas retenu cette irrégularité au motif que la « base élève » n'est pas connectée à d'autres sources.
Toujours est-il que la juridiction administrative montre les dents alors que LeMonde.fr rappelle que voilà quelques jours seulement, le procureur de Paris avait rejeté plus de 2.000 plaintes de parents d'élèves contre ce même fichier.
