Au mois de novembre 2008, la société avait publié une première application pour iPhone. Relativement sommaire, celle-ci se voit donc remplacée par une nouvelle version (iTunes) également compatible iPad et plus simple d'utilisation. Pour cela il faudra se créer un compte sur le site officiel de Parallels et entrer ses identifiants dans les paramètres de Parallels Desktop ainsi que sur l'iPad, l'iPhone ou l'iPod Touch. La connexion peut s'effectuer en 3G ou en WiFi via le réseau local ou à distance (via les serveurs de Parallels). Depuis l'appareil mobile il sera possible de lancer une machine virtuelle et d'interagir avec les applications. Indirectement l'utilisateur sera également en mesure d'accéder à ses fichiers de Mac OS X depuis le dossier partagé de la machine virtuelle. Notons toutefois que le mode veille n'est pas pris en charge.
Parallels n'est pas le premier éditeur à tenter sa chance sur l'App Store. Son éternel concurrent VMWare prévoit également de publier une solution de virtualisation pour iPad. La logithèque d'Apple comporte plusieurs applications pour iPhone comme Rove Virtual Machine Manager commercialisé à 31,99 euros. Citrix a également publié gratuitement Cirtrix Receiver pour iPhone et iPad. D'autres applications similaires permettant de virtualiser un système d'exploitation ont également trouvé place sur l'App Store comme Teamviewer décliné en version standard et Pro.
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