En effet, lorsque le projet lui fut soumis, Smith avoue ne pas avoir été « emballé par cet Area 51 ». Pour remédier au problème, le designer a donc décidé d'ajouter sa touche personnelle au scénario du jeu en lui imprimant une orientation subversive à l'adresse du gouvernement américain et de son ingérence militaire en Irak. Si cette idée a immédiatement germé dans l'esprit de Smith, elle n'a finalement pris forme que dans les douze derniers mois de développement. Une maturation qui a certainement eu une incidence sur la qualité finale du jeu mais n'en est pas le facteur déterminant.
Ainsi, Smith travaillait en parallèle sur un autre projet sur lequel il n'a pas souhaité s'exprimer. Beaucoup plus absorbé par ce dernier, celui-ci admet avoir négligé BlackSite : Area 51. La sanction est donc légitime selon lui : « nous avons été sanctionnés durement et le méritons ». Pire, afin de respecter les délais le titre est passé « directement de la version alpha à la version finale ». Pas étonnant, donc, de recenser autant de bugs en tout genre à mesure de notre progression dans le jeu. Enfin, s'il accepte les critiques et assume ses erreurs, Harvey Smith n'en est pas moins déçu de constater, à la lecture des différentes critiques parues sur BlackSite : Area 51, que son message subversif n'a, selon lui, pas été compris. Evoquant une scène au cours de laquelle le joueur se trouve aux prises avec des vétérans de la guerre en Irak transformés en monstres par le gouvernement américain, une bannière « Veterans Memorial » flottant au dessus d'eux, il s'indigne : « comment regarder tous ces éléments et ne pas penser que c'est foutrement subversif ?! ».
