D'après les autorités militaires américaines, McKinnon serait à l'origine du piratage de 300 ordinateurs après le 11 septembre 2001. L'année suivante, il aurait été repéré en train de télécharger des serveurs de la NASA une photo en noir et blanc sur laquelle il pensait avoir reconnu un OVNI.
Mark Summers, un porte-parole du gouvernement affirme que ses actions ont été « intentionnelles et calculées pour provoquer le gouvernement américain par intimidation et répression ».
Kevin Todner, l'avocat de McKinnon a informé ZDnet : « en termes de procédures légales, nous avons fait tout ce que nous avons pu. » Cependant, le pirate a peut-être un dernier joker dans sa manche. En effet, les médecins ont récemment révélé qu'il souffrait du syndrome de Asperger. Todner a contacté la secrétaire de l'Intérieur Jacqueline Smith. L'avocate explique : « notre client est désormais confronté à la perspective de poursuites et d'emprisonnement, à des milliers de kilomètres de sa famille, dans un pays où il n'a jamais mis les pieds ».
