Moins révolutionnaire que son prédécesseur, Football Manager 2006 intègre quelques innovations notables comme la présence d'une barre de navigation rapide en haut de l'écran de jeu, l'amélioration du jeu sur Internet, l'utilisation plus fréquente de graphiques (optionnels) en lieu et place des tableaux de chiffres ou bien encore la gestion des tailles / poids de chaque joueur de l'immense base de données.
Le didacticiel présenté sur les captures ci-dessous est également un élément intéressant dans la mesure où il aide à la prise en main de ce jeu particulièrement touffu et Sports Interactive précise que le jeu a été considérablement optimisé pour que les sauvegardes soient plus petites et que les temps de calcul / chargements soient plus courts. Notons enfin que, une fois n'est pas coutume, le jeu sera disponible simultanément sur Windows et sur MacOS... D'ailleurs, la démo jouable disponible sur nos serveurs concerne les deux systèmes.