Black Prophecy nous invite ainsi au XXVIe siècle alors que l'Humanité s'est lancée dans la colonisation de l'espace. Peu de colonies sont toutefois entre les mains des Humains « pure souche » et le réel pouvoir est détenu par les Tyi, des individus cybernétiquement améliorés, et les Genides, qui eux bénéficient d'altérations génétiques.
La lutte continue des trois races humaines les a finalement fait entrer dans le territoire des Restorers, une ancienne civilisation alien qui ne tolère aucun autre peuple dans le cosmos. Afin de survivre à cette bataille, les Humains n'ont d'autre choix que de de découvrir les motivations des aliens. Pour ce faire, le joueur rejoindra l'une ou l'autre des races humaines dominantes
