Utilisé comme moteur de plusieurs systèmes mobiles (dont Windows Mobile dans une version antérieure), Windows Embedded CE 6.0 R3 apporte différentes innovations comme une utilisation des dernières technologies intégrées dans le futur système Windows 7. Microsoft a commencé par proposer une nouvelle interface utilisateur exploitant sa technologie Silverlight, concurrente du Flash d'Adobe, réaffirmant son soutien aux « CID » (consumer Internet devices), c'est à dire aux terminaux grand public permettant d'accéder à Internet.
Dans le même temps, Windows CE 6.0 R3 propose de nouvelles versions de « Expression Blend » et « Internet Explorer Embedded », une gestion de la navigation tactile en natif, une compatibilité avec les documents Microsoft Office et Adobe PDF et enfin une meilleure interaction avec les ordinateurs sous Windows 7.
A noter que Microsoft a également annoncé l'intégration des technologies de Windows 7 dans ses 3 systèmes Windows Embedded : « Enterprise », « Server 2008 R2 » et « Standard 2011 ». Suivant les versions, c'est donc un support natif du multipoint, des synchronisations avec un serveur d'entreprise ou une prise en compte améliorée des programmes XP qui seront pris proposés. Windows « Embedded Standard 2011 » sera disponible pour les clients de Microsoft dans le courant du premier semestre 2010. Les systèmes Windows CE sont généralement utilisés sur des terminaux durcis, quelques smartphones ou des GPS autonomes.
