East India Company se déroule au XVIIIe siècle, à la grande époque de la fameuse Compagnie des Indes. Le joueur interprétera le rôle d'un jeune capitaine de la Compagnie des Indes anglaises, à la recherche du pirate à l'origine de la mort de son père et de son frère, afin de les venger. En dehors de cela, le joueur aura la possibilité d'incarner un marchand, un pirate ou un soldat et plus d'une centaine de missions permettront de développer les compétences de chacun de ces profils. Le jeu se focalisera sur la flotte du joueur, avec plus d'une dizaine de navires bien différents, ainsi que sur les batailles navales. Il sera possible de louer les services de personnages spéciaux (navigateur, officier des canons, chirurgien...) pour augmenter les capacités des navires et des équipages. Les conditions climatiques variables seront aussi présentes pour rendre les séquences d'abordages encore plus épiques. Mais il ne faudra pas oublier de faire du commerce, d'échanger des biens, de découvrir les 40 destinations susceptibles de faire fructifier la société. Enfin, il sera sage d'assurer ses positions militaires et politiques.
