Devenu un jeune homme intègre, il va se retrouver mêlé à une drôle d'histoire lorsqu'il voit entrer par la fenêtre de sa chambre, le Capitaine Flint, le perroquet de Long John, qui lui apporte un message. Jim apprend alors qu'il est le seul bénéficiaire d'un fabuleux trésor caché sur l'Île d'Émeraude. Mais attention, Jim ne doit pas traîner en route, car d'autres pirates, ennemis du vieux John, sont sur ses traces...
