Si la Terre a fait sa première rencontre avec des extra-terrestres, celle-ci ne s'est pas vraiment déroulée comme prévu. Les Aliens se sont avérés très agressifs et en quelques secondes, leurs puissants vaisseaux spatiaux ont détruits des cités entières, massacrant des millions de personnes. La réponse des principaux gouvernements ne s'est pas fait attendre, mais en utilisant leur arsenal nucléaire, ils n'ont fait que transformer la Terre en un champ de ruines sans pour autant écarter la menace extra-terrestre.
Le métro, les caves et tout ce qui a été construit sous terre constituent les derniers refuges pour une population humaine qui s'organise pour tenter de survivre. Dans The Swarm, le joueur incarnera l'un de ces rescapés, situé à Moscou, et devra affronter aussi bien des aliens que des humains. Il est question de récupérer des compétences et caractéristiques extra-terrestres au fur et à mesure de la partir alors que l'on s'aventure dans un Moscou basé sur celui d'aujourd'hui, mais évidemment en ruines.
