Dans leur recherche de la source de l'énergie universelle résidant dans un minerai énigmatique, les colons se sont heurtés à une force mystérieuse qui asservi la raison humaine. Les esprits Anciens de Mars s'éveillent de leur sommeil éternel. C'est dans une ambiance malsaine que le héros devra se rappeler de son passé afin d'avoir la vie sauve.
Dilemma 2 proposera une histoire non linéaire avec quatre fins possibles, de nombreuses énigmes, un univers post-apocalyptique et plus de quinze personnages à la psychologie particulière.