Effectivement, les principales évolutions de cette R2 sont sur le cloud computing : l'intégration avec Microsoft Dynamics CRM (gestion de relation clientèle) doit notamment permettre aux commerciaux d'accéder dynamiquement aux données sur les contrats, les tarifs ou les disponibilités de stocks gérés dans l'ERP. Souhaitant « respecter la liberté de choix pour les entreprises », Microsoft précise que cette intégration fonctionnera aussi bien avec la version on-premise de Microsoft Dynamics CRM qu'avec la version online.
Sur le cloud, Microsoft intègre également un service de gestion des transactions de paiement depuis l'interface de Microsoft Dynamics NAV. Ce service est multi-canal pour être « utilisé depuis n'importe quelle application de front-office, site marchand, TPV ou call-center. » L'accès au client RoleTailored, qui permet aux utilisateurs distants de se connecter via Internet, est également intégré.
Autres évolutions apportées par cette version R2 : la conformité avec la technologie Microsoft Application Virtualization (App-V), qui permet de déployer le client RoleTailored en mode hébergé ou on-premise, l'utilisation des Jumplists sous Windows 7, et la visualisation TreeMap.