Cette version supporte toujours, en plus des formats MP3, Ogg Vorbis ou encore WAV, les formats WMA (Windows Media Audio) pour la version Deluxe. Alors que la gestion des DRM (droits numériques pour les fichiers Audio) était promise depuis quelques temps déjà, et alors qu'elle a été intégrée depuis la version 3.1 du programme, cette nouvelle mise à jour améliore désormais cette gestion des fichiers protégés.
En effet, la version 3.1.3 du programme amémiore la compatibilité avec le format Windows Media, permettant d'être compatible avec les boutiques numériques, qui possèdent un logo "PlaysForSure" (WMA avec DRM), d'achat de musiques comme Rhapsody To Go, Napster To Go ou encore Music Engine. Autrefois reservé à un nombre limité de terminaux sous Palm OS, cette compatibilité est désormais assurée sur les Smartphone Treo 600 et les PDA Tungsten E et Zire 71.
Pocket Tunes en version 3.1 coûte $14.95 en version classique (sans support du WMA donc) et $34.95 en version Deluxe (avec support du WMA). A noter qu'une version de démonstration de 15 jours du logiciel est téléchargeable gratuitement.