Si Megaupload est poursuivi par les Etats-Unis, il l'est également par des sociétés privées qui accusent le site d'avoir contribué à porter atteinte aux droits d'auteur, ce qui n'est pas particulièrement étonnant. Mais pour le cyberlocker, se concentrer à la fois sur la problématique affaire pénale et sur les poursuites civiles semble être compliqué : ainsi, les avocats du service ont déposé une requête devant un tribunal fédéral, en vue de retarder les poursuites engagées par Microhits et Valcom. Ces deux sociétés détiennent entre autres les droits sur certains enregistrements de Billie Holiday, Marvin Gaye et Rod Stewart, ainsi que sur des films de Bill Murray et Jackie Chan.
La requête de Megaupload laisse entendre que cette plainte, déposée le 21 mars soit deux mois après la fermeture du service par les autorités américaines, « semble être une copie mot-à-mot » de la plainte pénale. L'avancée en parallèle des deux affaires pourrait pousser Megaupload à invoquer le cinquième amendement, qui empêche, entre autre, d'être jugé deux fois pour le même crime. En outre, les avocats de la firme soulignent qu'en cas de condamnation à verser des dommages et intérêts, il sera impossible à Megaupload de payer, les comptes ayant été gelés.
Du côté de l'affaire pénale, les négociations sont toujours en cours concernant l'avenir des données stockées par Carpathia Hosting : selon l'avocat principal de Megaupload Ira Rothken, l'issue des discussions devrait arriver dans les prochains jours, mais rien n'indique pour le moment si les différents partis parviendront à se mettre d'accord sans repasser, sur ce point tout du moins, par la case tribunal.
