La fragmentation est un phénomène qui ralentit la lecture et l'écriture des données sur un disque dur magnétique (courant). Elle survient lorsque les données d'un même fichier sont inscrites physiquement à différents endroits du disque dur, causant des ralentissements, la tête de lecture du disque dur passant son temps à passer d'une zone à l'autre, plutôt qu'à en survoler une seule. Les systèmes de fichiers employés par Windows (NTFS principalement) se contentent d'écrire les données au début du disque dur, au fur et à mesure de l'espace disponible, quitte à séparer les fichiers à différents emplacements. Au fil des suppressions, des copies et des déplacements, de petits espaces se libèrent et se remplissent, créant la fragmentation. Les systèmes de fichiers employés par Mac OS X (HFS) et Linux (EXT3) cherchent quant à eux à inscrire un fichier dans un espace suffisamment grand pour pouvoir l'accueillir en une seule fois.
Sous Windows, la défragmentation est donc un bon moyen d'optimiser son système. Avec Diskeeper 2009, la fonction InvisiTasking, améliorée depuis la version 2008 de l'utilitaire, se charge de défragmenter le disque dur en temps réel, en occupant un minimum de ressources système et en profitant des temps morts pendant lesquels la machine n'est pas utilisée. Les moteurs de défragmentation Titan Defrag Engine et Terabyte Volume Engine, adaptés respectivement à des systèmes de stockage d'entreprises et à des particuliers, permettent de défragmenter un disque dur bien plus rapidement qu'avec l'utilitaire intégré à Windows. La technologie I-Faast quant à elle, désormais en version 2.0, assure un gain de performance supplémentaire sur les fichiers les plus fréquemment utilisés, par un procédé non précisé, qui permettrait selon l'éditeur d'obtenir un gain de 80% en lecture comme en écriture.
Les éditions Home, Home Server et Pro Premier Edition de Diskeeper 2009 sont d'ores et déjà disponibles dans notre logithèque et permettent de profiter de toutes les fonctions du programme sur une période d'évaluation de 30 jours. À des prix s'échelonnant de 30 euros à 100 euros, ils intègrent des moteurs de défragmentation plus ou moins performant et le cas échéant la technologique I-Faast, selon une segmentation décrite sur le site officiel.