L'accord aurait conduit Amazon à bénéficier d'avantages pouvant être assimilées à des aides illégales de la part du Luxembourg. Via un montage fiscal tout à fait régulier au regard des lois sur le sujet et bien connu car utilisé par les autres géants américains (Google, Apple, Microsoft, Facebook), Amazon aurait payé des impôts sur moins d'1% de son chiffre d'affaires pour l'ensemble de ses activités européennes depuis plus de dix ans.
La Commission soupçonne le Luxembourg d'avoir garanti un bon traitement fiscal à Amazon si la société venait s'implanter dans le pays. Avant que le groupe n'arrive en Europe, le pays aurait donc envoyé une lettre d'intention fournissant des explications sur la manière dont son impôt sera calculé. Cette pratique, le « Tax rulings », n'est pas illégale, sauf qu'elle ne doit pas servir à offrir des avantages sélectifs à des entreprises. En l'occurrence, le prix fixé par le Grand-Duché pour les transactions intragroupes du géant américain aurait pu être baissé. C'est ce qui aurait permis à Amazon EU Sarl, situé au Luxembourg, de centraliser la majorité des bénéfices réalisés par le groupe dans tout le continent, et ainsi, d'échapper aux impôts des pays dans lesquels se trouvent ses filiales.
Cela conférerait un avantage à Amazon sur d'autres sociétés, plus petites, qui ne disposent pas de filiales. Une telle faveur constituerait une aide illégale de la part du Luxembourg. Si la Commission parvient à faire qualifier la pratique de « subvention déguisée », elle pourra demander au Grand-Duché de récupérer les « aides indirectes » versées à la société.
